根據南通《市委辦公室市政府辦公室關于印發〈啟東市機構改革方案〉的通知》(通辦〔2019〕8號)，組建啟東市醫療保障局，為市政府工作部門。
市醫療保障局主要職責：
（一）擬訂全市基本醫療保險、生育保險、大病保險、醫療救助、醫藥價格等醫療保障制度的政策、規劃和方案并組織實施，推進建立長期護理（照護）保險制度，建立健全多層次醫療保障制度體系，開展醫療保障領域的對外合作交流。
（二）協同做好醫療保障基金預、決算管理，組織制定并實施醫療保障基金監督管理辦法，建立健全醫療保障基金安全防控機制，組織開展打擊欺詐騙取醫療保障基金行為。推進醫療保障基金支付方式改革。
（三）組織實施醫療保障籌資和待遇政策，統籌城鄉醫療保障籌資和待遇標準，推進建立醫療保障待遇動態調整機制，建立健全與籌資水平相適應的待遇調整機制。推進實施醫療保障精準扶貧，負責擬訂全市醫療救助政策并組織實施。
（四）組織實施統一的藥品、醫用耗材、醫療服務項目、醫療服務設施等醫保目錄和支付標準，并實行動態調整機制。
（五）貫徹落實藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費等政策，推動建立醫保支付醫藥服務價格合理確定和動態調整機制、市場主導的社會醫藥服務價格形成機制，建立價格信息監測、成本調查和信息發布制度。
（六）貫徹落實國家和省、市藥品、醫用耗材的招標采購政策并監督實施。
（七）制定全市定點醫藥機構協議和支付管理辦法并組織實施，建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度，監督管理納入醫保范圍內的醫療服務行為和醫療費用，依法查處醫療保障領域違法違規行為。
（八）負責全市醫療保障經辦管理、公共服務體系建設。統籌推進醫療保障信息化、規范化、標準化建設。組織制定和完善異地就醫管理和費用結算辦法。建立健全醫療保障關系轉移接續制度。管理在啟省屬機關和企事業單位醫療保障工作，承辦離休干部、1-6級殘疾軍人醫藥費統籌管理服務工作。
（九）完成市委、市政府交辦的其他任務。
（十）職能轉變。完善統一的城鄉居民基本醫療保險制度、大病保險制度和城鄉統籌的醫療救助制度，提高醫療保障統籌層次，建立健全覆蓋全民、城鄉統籌的多層次醫療保障體系，不斷提高醫療保障水平，確保醫保資金合理使用、安全可控，推進醫療、醫保、醫藥“三醫聯動”改革，更好地保障人民群眾就醫需求、減輕醫藥費負擔。