（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、信息、宣傳、安全、機要、檔案、信訪、政務公開、行政后勤等工作；負責重要會議和活動的組織安排并督辦落實；負責重要文件、綜合性文稿起草和重大課題綜合調研工作；負責機關財務管理、資產管理和內部審計工作。
（二）政策法規科。負責規范性文件的合法性審查以及依法行政工作；組織開展行政審批執法監督工作，負責有關行政許可決定的審核，牽頭組織行政許可決定撤銷工作；負責聽證、行政復議、行政應訴等工作；承擔行政權力清單的編制和調整工作。
（三）數據資源科。牽頭組織擬訂數字啟東、數字經濟、數字社會、數字政府規劃；研究數據領域重大趨勢和重大問題；負責數字相關戰略規劃、重大政策、重大項目等的評估督導。承擔推動數據資源整合共享和開發利用工作；承擔落實國家大數據戰略有關工作；擬訂數據資源分類分級管理制度，負責公共數據歸集，協調推進公共數據確權授權，推動信息資源跨行業跨部門互聯互通；引導數據交易場所建設發展。
（四）數字經濟科。承擔數字經濟發展規劃編制及組織實施工作；承擔統籌推進數字經濟發展相關工作；研究擬訂促進數字產業化和產業數字化、推動跨領域跨行業數字化轉型的政策措施；促進數字技術和實體經濟深度融合。
（五）數字社會和數字政府科。承擔數字社會發展規劃編制及組織實施工作；協調推動公共服務和社會治理信息化，協調推進智慧城市建設；協同推進數字公共服務普惠化、數字社會治理精準化、數字生活智能化。承擔數字政府建設規劃編制及組織實施工作；統籌規劃市電子政務云平臺、電子政務外網等基礎設施；統籌規劃一體化協同辦公體系，推動機關內部事務線上集成化辦理；推動部門信息系統整合，負責“一件事一次辦”、政務服務“一網通辦”等應用支撐體系的建設；承擔市級政務信息化項目及運維經費的相關審核工作。
（六）數字科技和基礎設施建設科。牽頭推進數字基礎設施布局建設工作，擬訂有關數字基礎設施布局規劃并推動實施；配合推進數據領域核心技術、關鍵設備等重大科技攻關，協同推動數據要素相關學科專業體系和人才隊伍建設；擬訂相關數據安全政策并組織實施；協同開展網絡數據跨境流動安全評估和監管工作。
（七）行政審批制度改革科。負責研究提出全市簡政放權、放管結合、優化服務工作的政策措施，提出取消下放行政許可事項的建議；推進行政審批規范化，負責行政許可等依申請辦理政務服務事項目錄動態管理；負責清理規范涉審中介服務、優化行政審批流程，參與“證照分離”改革。
（八）政務服務科。承擔全市政務服務體系建設相關工作，協調指導鎮(園區、街道)、村(社區)政務服務工作；統籌負責政務服務事項實施清單和辦事指南標準化；組織協調南通市縣一體化政務服務管理平臺的推廣應用，推進“不見面審批(服務)”改革、“一件事一次辦”和政務服務“一網通辦”;組織市級政務服務事項集中受理辦理；負責政務服務事項辦理運行的指導、協調、監督，對政務服務業務數據進行統計分析；負責政務服務綜合標準化建設工作。負責對全市政務服務代辦幫辦工作的指導、管理和協調；負責推進市、鎮、村三級政務服務代辦幫辦體系建設和整體聯動；負責牽頭制定政務服務代辦管理制度，牽頭梳理、公布政務服務代辦事項目錄；負責對市本級政務服務代辦工作進行考核評價。
（九）市場準入科。負責全市除外商投資企業外的各類經營主體登記注冊工作；承擔食品經營、藥品經營許可等行政審批事項，并限時辦結；負責與業務關聯部門的銜接、溝通、協調等工作。
（十）綜合審批科(安全生產監管科)。負責戶外廣告設置、危險化學品經營許可、煙花爆竹零售經營許可、營業演出許可、娛樂場所設立等文化類事項，經營高危險性體育項目等體育類事項，文物保護單位原址保護等文物類事項審批；負責演出場所經營單位備案、第三類非藥品類易制毒化學品經營備案等；負責組織業務相關的聯合踏勘、聯合竣工驗收等工作；負責與業務關聯部門的銜接、溝通、協調等工作；負責業務相關專家庫的建立與管理工作；協助業務相關中介服務機構的管理工作；負責部門和單位安全生產監管職責。
（十一）投資管理科。負責權限內的政府投資項目審批與企業投資項目核準、備案；負責權限內建設項目環境影響評價文件審批、固定資產投資項目節能審查；負責建設項目用地預審與選址意見書、建設用地規劃許可證的核發；負責重大項目、重點工程審批事項的任務分解，牽頭做好綜合咨詢和預審服務推進工作；負責業務相關審批平臺應用推進工作；負責與業務關聯部門的銜接、溝通、協調等工作；負責業務相關專家庫的建立與管理工作；協助業務相關中介服務機構的管理工作。
（十二）工程許可科。負責城市建筑垃圾處置核準和處置費的征收；負責建設工程規劃許可證核發，建筑工程施工許可；負責建設項目方案審查的組織實施；負責應建防空地下室的民用建筑項目報建、人防工程拆除、報廢、改造等相關審批；負責建設項目建設工程規劃竣工核實和人防工程竣工驗收備案、人防工程平時開發利用登記；負責商品房預售許可、現售備案；負責城鎮污水排入排水管網許可證核發；負責樓面結構變動許可；負責政府投資項目初步設計審批；會同有關部門做好業務相關的聯合踏勘、聯合竣工驗收等工作；負責權限內竣工驗收備案；負責與業務關聯部門的銜接、溝通、協調等工作；負責業務相關專家庫的建立與管理工作；協助業務相關中介服務機構的管理工作。
（十三）公共資源交易管理科。負責全市公共資源交易管理工作，制定實施公共資源交易管理相關細則和交易規則；推進全市公共資源“不見面交易”體系建設；對進入市公共資源交易平臺的交易活動進行現場監管；負責公共資源交易活動相關投訴的協調指導和轉辦督辦；牽頭法律、法規、規章尚未明確監管部門的市級公共資源進行交易的監管；協調督促行業監管部門依法履行監管職責；管理招標(采購)代理機構。
（十四）督查科。負責政務服務相關的評估督導工作；負責市政務服務大廳日常管理工作，負責對各進駐部門、單位的政務服務行為進行監督檢查，對窗口工作人員進行日常管理、教育培訓和監督考核；承擔政務服務大廳服務投訴受理、調查和處置工作；承擔審批服務群眾滿意度測評、群眾意見建議反饋和測評結果運用工作；會同有關科室推進政務服務綜合標準化建設和宣貫工作；負責綜合績效考核管理工作。
總師室。負責數據、政務服務、行政審批的技術指導和管理工作。
機關黨委。負責機關及所屬事業單位黨群、干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓等工作；負責機關及所屬事業單位人才隊伍建設，指導所屬事業單位的專業技術職務評聘工作；負責干部檔案管理工作；負責機關及所屬事業單位出國(境)人員審核報批工作；負責離退休干部工作。