啟東市交通運輸局設下列十二個內設機構：
（一）辦公室（交通戰備辦公室）。組織協調局機關行政日常事務工作，指導全市交通運輸系統文秘工作；負責文秘、信息、信訪、機要、保密、檔案和人大代表建議、政協委員提案辦理工作；負責起草局綜合性文稿、重要報告，編纂史志、年鑒，負責有關會議的組織工作；負責局機關資產管理、車輛管理、安全保衛、后勤保障、對外接待等工作；負責全市國防交通戰備動員工作。
（二）人事科。負責市交通運輸系統黨組織建設和黨員發展、教育、管理、監督等工作；指導交通運輸行業體制改革和隊伍建設；負責機關及所屬事業單位的機構編制、干部人事、勞動工資工作；指導交通運輸專業技術職稱、技工職業技能、等級考核和人才交流、智力引進工作；負責、指導交通運輸系統精神文明建設及思想政治宣傳教育工作；負責市交通運輸系統內黨風廉政建設、反腐敗建設和作風建設工作的指導、監督和檢查。
（三）法規科（行政服務科）。指導交通執法隊伍建設，組織開展法制宣傳教育；承擔全市交通運輸綜合行政執法的協調管理工作；負責交通執法聽證制度的實施；負責行政復議和重大處罰案件的審核，協調交通行政執法和執法監督工作；承辦交通行政復議案件和行政訴訟案件，承擔交通行業法律咨詢和服務工作；負責協調局屬單位內部綜合治理和調解工作，來信來訪及投訴處理工作；承擔公路、港口、海事、運輸管理、建設管理、質量監督等交通運輸行政許可工作，并限時辦結；組織實施啟東市級交通運輸行政許可統一受理、統一審批、統一送達工作；負責指導推進全市交通運輸“放管服”改革工作。
（四）規劃計劃科。承擔交通工程建設項目前期管理工作；組織擬訂全市綜合交通運輸體系規劃和公路、航道、港口、民用航空等發展規劃；負責客運發展規劃和道路客貨運基礎設施發展規劃；擬定交通基礎設施建設中長期計劃和年度投資計劃；負責監督年度投資計劃的執行情況；組織編制有關交通工程建設項目的項目建議書、可行性研究報告，負責組織初步設計、項目概算文件的編制和報批等前期工作；組織做好專項評估工作；負責公路、航道工程施工圖設計審查與變更審批工作。
（五）工程管理科。擬訂交通工程建設質量發展目標和政策并組織實施；承擔交通建設市場監管，監督管理公路、航道、港口等工程建設項目招標投標工作；承擔公路、航道、港口等工程建設、運營和維護的行業管理工作，負責交通建設工程實施階段程序管理；組織和指導交通建設工程設計、施工、監理、定額造價、試驗檢測的監督管理；承擔交通建設市場主體的信用管理；統籌推進市級交通重大項目；參與有關交通工程建設項目交工驗收，組織竣工驗收。
（六）財務科。指導交通運輸行業財務、會計和審計工作；負責組織編報部門預決算；承擔交通運輸資金的申請、撥付、監管及會計核算工作；組織機關及所屬事業單位開展內部審計并完善內部控制機制。
（七）安全科。組織擬訂并監督實施公路、水路和港口安全生產政策和應急預案；負責公路、水路和港口安全生產綜合監管；負責有關安全生產和應急處置體系建設；組織協調交通運輸行業安全生產監管工作；承擔公路、水路和港口突發公共事件應急監管工件；負責全市交通運輸行業單位的安全生產責任制的落實和考核工作；負責全市交通運輸行業的安全宣傳教育和安全培訓工作；依法組織或配合有關事故調查和處理工作；組織對全市交通運輸行業的安全生產評比工作。
（八）客貨運管理科。負責全市道路客運、城市客運、道路貨運、交通物流業的發展、規劃和管理工作；承擔公共汽車、出租汽車、城際客運、客運站、道路貨運等行業管理工作，指導綜合運輸體系建設，負責道路客貨運企業及站場的行業信用管理工作。
（九）水運管理科（生態環保辦公室）。承擔水路貨運行業管理工作；承擔我市內河通航水域氣象觀測、地質調查、大面積清除水面垃圾和其他可能影響內河通航安全作業行為的備案工作。貫徹落實和推進交通運輸行業污染防治工作；依法組織或參與環境污染事件調查處理工作。
（十）維修駕培科。負責全市道路運輸從業人員資格管理工作；負責做好機動車維修業戶備案制度的貫徹落實工作；負責抓好全市一二類維修企業和駕培機構的信用管理工作；負責機動車維修、機動車駕駛員培訓、營運車輛綜合性能檢測等行業管理工作；負責道路運輸車輛技術管理工作；負責全市機動車維修與駕培行業維修質量、培訓質量與收費等糾紛調解工作；指導并監督交通運輸行業節能減排、新能源或清潔能源推廣使用工作。
（十一）港口管理科（航空辦公室）。負責全市沿江沿海及內河港口管理工作；貫徹落實全市港口發展政策和管理制度，統籌推進現代化港口體系建設和港口資源利用研究；負責全市港口岸線、陸域、水域管理和經營市場秩序監管；負責港口設施保安履約管理工作；負責指導航道、錨地、過駁區等公用基礎設施管理工作；負責港口對外合作及港際交流；指導全市通用機場建設、運行管理和通用航空產業發展；參與協調重要航線的開辟和重大航空任務的實施。
（十二）鐵路管理科。參與擬訂鐵路規劃；配合做好鐵路項目的申報、立項、勘測、設計等前期工作；配合做好鐵路建設資金的籌措工作；按國家、省、市有關規定，協調全市境內鐵路建設的征地拆遷安置等；負責協調鐵路建設過程中的矛盾和問題，協調處理鐵路和地方建設關系；指導和協調全市鐵路站場周邊綜合配套和開發建設工作；配合做好鐵路運營方面的相關工作。